Jia Baolong Theory File Manifest

本文件说明仓库各部分的功能、来源和阅读顺序。论文正文、PDF 全文转写、理论导读和结构化入口分层保存，Markdown 是唯一的理论源文件；ai/ 提供机器可读索引，site/ 是由 Markdown 生成的 GitHub Pages HTML 发布目录。

文件层级

层级	位置	数量	内容
reading_guide	THEORY_READING_GUIDE.md、00_READ_FIRST.md	2	完整阅读指南和理论入口
ai_entry	docs/00_ai/	8	中文入口、术语、命题、关系、版本、测试和阅读协议
primary_papers	papers/	32（另有 6 篇英文平行稿）	论文正文、YAML 元数据和 Zenodo record ID
supplementary_pdf	supplementary_transcriptions/	7（另有 1 篇英文平行稿）	按 PDF 页面恢复的全文
commentary	根目录与 docs/	48（含 10 篇新增中文记录）	理论导读、公式、阅读工具和理解更新
machine_readable	ai/	3 个 JSON/JSONL 数据集	manifest、命题、关系和语义切块

建议阅读顺序

1. docs/00_ai/00_AI_START_HERE.md
2. docs/00_ai/01_AI_COMPLETE_SYNTHESIS.md
3. docs/00_ai/02_AI_CANONICAL_GLOSSARY.md
4. docs/00_ai/03_AI_CLAIM_LEDGER.md
5. docs/00_ai/04_AI_RELATION_GRAPH.md
6. docs/00_ai/05_AI_VERSION_MAP.md
7. docs/00_ai/06_AI_COMPREHENSION_TEST.md
8. docs/00_ai/07_AI_READING_PROTOCOL.md
9. THEORY_READING_GUIDE.md
10. 00_READ_FIRST.md
11. docs/01_foundation/
12. docs/02_first_beat/
13. docs/03_emergence/
14. docs/04_reference/
15. docs/05_operations/
16. docs/06_commentary/
17. papers/
18. supplementary_transcriptions/

论文元数据

每篇正文文件保留：

• zenodo_record_id
• concept_record_id
• doi
• title
• publication_date
• source_kind
• version_status
• authority_tier
• document_role
• parallel_group（存在版本并行时）

切块时应把这些字段与正文一起保留；检索先返回论文标题、日期、来源和摘要，再返回正文段落。

机器可读层的字段、记录数和中文-only 范围见 ai/manifest.json。新增 AI 入口层和此前十篇新增评论与研究记录没有生成对应英文平行稿。

数学与文件格式

数学使用 Markdown 数学定界符，LaTeX 只作为公式载体；表格使用 Markdown 表格；PDF 转写保留 <!-- PDF page N --> 页面锚点。论文正文、PDF 转写和导读文件均为 UTF-8 Markdown。

版本关系

同一 parallel_group 的论文属于同一版本族。应按照论文日期、正文内容和理论发展顺序理解其关系，不把不同版本混成一个文本。